Педиатрический факультет, был открыт в 1938 году. Его первым деканом был профессор А.И Малинин с 1938 по 1941гг. зав. кафедрой акушерства и гинекологии. С 1941 -1945 гг. деканом был профессор В.А.Сурат, заведующий кафедрой педиатрии. С 1945 по 1947гг. деканом факультета являлся профессор О.С.Глозман. С 1948 по 1954 факультет возглавлял доцент кафедры педиатрии А.М.Кропачев.
С 1956 по 1964гг. деканом факультета была профессор А.И.Авенирова, которая являлась одним из организаторов педиатрической службы республики: при ее участии и руководстве были организованы педиатрические факультеты и кафедры педиатрии в Семипалатинском, Карагандинском и Актюбинском медицинских институтах.
С 1965 по 1969гг. факультетом руководил доцент Н.Н.Вишняков. C 1969 по 1978 факультет возглавляла профессор Н.А.Барлыбаева, в эти годы на факультете была организована интернатура. Деканом факультета в разные годы работал академик К.С.Ормантаев — крупный ученый, высококвалифицированный детский хирург (1978-1980, 1988-1991гг.).
C 1980 по 1988гг. деканом факультета была доцент Г.А.Вуйко. C 1991 по 1995гг. факультет возглавлял профессор К.К. Кожаханов. В 1995г. деканом был назначен профессор Б.Д.Тастанбеков — один из организаторов здравоохранения республики. С 2002 по 2004гг деканом факультета была профессор Т.П.Ударцева. С 2004 по 2008 год деканом факультета был профессор А.Ж.Жаханов. С 2006 по 2010гг. факультет возглавляла профессор Т.М.Имамбаева.
В 2007 году медицинские вузы перешли на новую модель подготовки кадров, вследствие чего факультет педиатрии был включен в общее мед. направление.
В 2018 году 9 августа приказом № 623 создан единственный Школа педиатрии в Республике Казахстан. В состав Школы педиатрии входит 6 кафедр, где работает более 120 преподавателей, из них более 60% имеет ученый степень. Сегодня в университете по специальности «Педиатрия» обучается 327 студентов 1 и 2 курса и более 400 интернов и резидентов.

C 2018 по 2020гг. деканом факультета был доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой детских инфекционных болезней А.К.Катарбаев. В настоящее время подготовку врачей-педиатров возглавляет декан Школы педиатрии Сыдыкова Сауле Ильясовна — кандидат медицинских наук, доцент.