Педиатрия кафедрасы алғаш рет 1939 жылы 8 желтоқсанда ұйымдастырылды.
1941 жылы педиатрия факультеті медицина факультетінен алғашқы 8 оқушыға ауыстырылды, ал 1943 жылы кафедра педиатрлардың алғашқы түлектерін ұсынды.
Ауруханалық педиатрия кафедрасы 1952 жылы ұйымдастырылған ,1953 жылы Педиатрия факультетінің негізі қаланған. Бұл кафедраларды Қазақ КСР-нің еңбек сіңірген дәрігері Авенирова А.Е. басқарды. Кафедраның алғашқы оқытушылары доцент м.ғ.к.Вовнянко И.В, Трейлих Е.А., м.ғ.к Медведева А.Г., дәрігерлерЯрочкина Н, Жуйко С.,.Хасанова Ф, Спивак Л., Львова Н.. Алғашқы аспиранттар Лебедева В.А., Исмагилова А.Ш. Толманова А.М., Балахонова Г.А. болды, олар өз кандидаттық диссертацияларын қорғады, педиатрия кафедраларының ассистенттері, доценттері болды.
1971 жылдан 1991 жылға дейін Ауруханалық педиатрия кафедрасын ҚазССР еңбек сіңірген дәрігері, профессор Барлыбаева Н.А. басқарды.
1991 жылы №1 балалар ауруы кафедрасы, 1999 жылдан бастап балалар ауруларының біріккен кафедрасын Қазақ КСР еңбек сіңірген дәрігері, профессор Хабижанов Б.Х. басқарды.
1999 жылдан бастап. кафедрада балалар аурулары кафедрасында, медицина факультетінің балалар аурулары кафедрасы және бұрын жұмыс істеген емханалық педиатрия кафедрасы кірді. Соңғы екі бөлім 2003 және 2006 жылдары қайтадан тәуелсіз болды.
Сонымен қатар, 1992 жылы Педиатрларға арналған интернатура кафедрасы ұйымдастырылды, ол кейінірек Балалар аурулары кафедрасы болды. Құрылған күннен бастап 2010 жылдың қыркүйек айына дейін кафедраны м.ғ.д, профессор Мажитова З.Х басқарды.2011-2012 оқу жылынан бастап №1 балалар аурулары кафедрасының меңгерушісі м.ғ.д Орынбасарова К.К болды.
2014 – 2016 оқу жылынан бастап. №2 педиатрия бойынша интернатура және резидентура кафедрасын м.ғ.к Нұрғалиева Ж.Ж басқарды.
№2 педиатрия бойынша интернатура және резидентура кафедрасы факультеттің және Ауруханалық педиатрия кафедраларының мұрагері болып табылады. Кафедраның оқу-клиникалық базасы – Педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми орталығы.
Сонымен қатар, кафедра қызметкерлері қалалық клиникалық ауруханалар базасында да, көпсалалы аймақтық ауруханаларда да студенттерді дайындайды. Кафедраның тарихында және жалпы ұлттық педиатрияда маңызды кезең болды, 1997 жылы қазақ тіліндегі «Балалар аурурлары» атты бірінші оқулық, 2005 жылы «Педиатрия» оқулығы проф. Хабижанова Б.Х. және доцент Хамзин С қазіргі кезде кафедра Қазақстан Республикасының Білім және ғылым министрлігі бекіткен мемлекеттік тілдегі оқулықтың 3-ші шығарылымын шығарды. Кафедра республиканың жоғары медициналық мекемелері үшін «Педиатрия» мамандығы бойынша (1997, 2000, 2003жылдары ) 12 стандартты бағдарлама әзірледі.